На DNS все это как правило не влияет, т.к. размер DNS-пакета обычно ниже MTU. Работа TCP-соединений при неправильно выставленном MTU зависит от выставленного параметра TCP MSS со стороны сервера (многие крупные сервисы специально его занижают, т.к. неправильно сконфигурированный MTU это весьма распространенная проблема) и функционирования в системах клиента и сервера алгоритмов blackhole router detection (PMTU Black Hole Detection / PMTU probing) которые включены по умолчанию в Windows, и доступны практически во всех системах. Поэтому можно достаточно долго не замечать проблем с MTU или замечать их только в определенных ситуациях, например при отправке формы с большим количеством данных или загрузке файла на сервер.
Если проблема всплыла на ютубе, скорей всего это означает что там используется дефолтный MSS и не используются алгоритмы PMTU Black Hole Detection для видеопотоков, возможно из-за использования каких-нибудь специальных железяк с урезанной поддержкой TCP.
Простой