Все бинарные операции в js работают с типом int32 (signed), кроме одной - >>> которая работает с типом uint32, то есть старший бит (в int32 это бит знака) участвует в сдвиге
В php есть отдельный тип для целых чисел,
php.net/manual/ru/language.types.integer.php
И размерность его зависит от платформы, при этом он всегда знаковый, так что да, результат может быть разным, на windows и 32 разрядных платформах, на 64 разрядных будет совпадать