Если Битрикс один а сайтов 3, и все на одном шаблоне, скопируйте шаблон 2 раза, получите 3 шаблона, назовите их по именам сайтов, примените их по условию - если домен 1, то шаблон 1, домен 2 - шаблон 2. И всё.
Далее ставите в body каждого шаблона код GTM, предварительно создав 2 контейнера для каждого сайта, а в Google Analytics создаёте 3 ресурса, у каждого будет свой tid (UA-xxx).