Если программа сама может поставить сертификат - поставить через программу. Многие программы капризны и желают видеть сертификат только на карте памяти или только в определенном каталоге (а иногда и то и другое). Если программа сама не умеет ставить сертификаты - ну значит сертификат кривой. Если ключа в нем нет - выложите его куда-нибудь.
Попробуйте другой сниффер - Packet Capture, у него все нормально с сертификатом должно быть, если тоже проблема то эмуляторы используйте, или другое устройство.
