VS все равно поставила кучу версий .NET включая 4.6.
Почитайте, что такое .NET Framework SDK и .NET Framework Targeting Pack.
Тот же вопрос про версии VS C++ Redisrtibutable, можно ли их все удалить кроме 2015?
Программы, скомпилированные в VS 2015, по умолчанию требуют только 2015, но насчет самой Visual Studio и ее компонентов нельзя это гарантировать, только смотреть их все с помощью DependencyWalker, или просто удалить и восстанавливать по необходимости.