В my.cnf есть строки, все они НЕ закомментированы:
# This was formally known as [safe_mysqld]. Both versions are currently parsed.
[mysqld_safe]
log-error=/var/log/mysql.log
socket = /var/run/mysqld/mysqld.sock
nice = 0
log_error = /var/log/mysql/error.log
Все файлы логов ошибок пустые. Туда должны попадать все ошибки или только запуска / остановки сервера?
И ещё должны ли выпадать в лог ошибок неперехваченные исключения PDO наподобие:
PDOException: SQLSTATE[23000]: Integrity constraint violation: 1062 Duplicate entry '' for key 2
Т.к. такие сегодня точно были