Я правильно понимаю, что клиентам нужно запретить полноценный терминальный вход на сервер, но оставить возможность использования опубликованных приложений RemoteApp?
Если так - то все достаточно просто. Вам нужно сделать новую коллекцию сеансов УРС, добавить в неё нужную группу пользователей и выбрать серверы для коллекции. При чем, обратите внимание, что для коллекции RemoteApp нужно взять сервер, который не входит в коллекцию полноценного УРС. Так у вас может быть две и более коллекций как удаленных рабочих столов, так и опубликованных приложений RemoteAPP. И для каждой вы можете задать список пользователей, кому какими ресурсами можно пользоваться.