Смотря какая "видимость" вам нужна. Если L3 - достаточно прописать на сервере маршрут к вашей клиентской подсети через l2tp. (Предпочтительнее в качестве шлюза прописать ип-адрес удаленного l2tp-клиента, а не сам интерфейс, поскольку входящие интерфейсы динамические и в случае реконнекта, вместо интерфейса в маршруте в качестве шлюза появится unknow, со всеми вытекающими).
Если же речь идет об объединении удаленных локальных сетей на уровне L2 - нужно поверх l2tp поднимать eoip-туннели и объединять их в бриджи с локальными сетями на обоих концах туннеля. В этом случае нужно будет дополнительно позаботится о едином адресном пространстве, создав одну сеть для 2-х DHCP-серверов с непересекающимися диапазонами и ограничить DHCP-трафик через туннель.