Таблица user_id, org_id, rating для лога кто именно за что и как проголосовал. Составной первичный ключ по user_id & org_id (или, возможно, org_id & user_id). В этой таблице проверять, голосовал ли этот пользователь уже за эту организацию.
В таблицу организаций поле рейтинга с агрегированным значением текущего рейтинга, возможно количества проголосовавших и чего ещё надо для отображения. Не вычислять рейтинг в рантайме по таблице голосов.
