Готовые файлы с расширением IPA загружаются iTunes Connect через специальную отдельно устанавливаемую утилиту
Application Loader из-под Мака. Есть ли она под винду - сложно сказать.
После того, как файл проверен/загружен утилитой на сервер - должно пройти порядка 15 мин до того, как он появится в списке загруженных билдов на странице настройки приложения в iTunes Connect. Оповещения о проверке билда приходят на почту.