Максим Тимофеев, я вам проблемный файл наверное уже и не покажу (переделать с нуля оказалось проще, чем чинить), но проблема была вот какая.
Есть файл с полигоном. Этот полигон много раз копировали и вставляли на лист. При этом часть этих полигонов вставилась нормально, с изменением координат, а для части полигонов координаты строго те же самые, а местоположение изменено при помощи tranfsorm=matrix.
Никакие, подчеркиваю, никакие описанные в интернетах методы "лечения" этой проблемы не давали положительного результата (зато, бывало, ломали всё остальное). Этот десяток (~) полигонов на листе оставался неприкосновенным - группируй их, не группируй, таскай по слоям, таскай по листу, меняй взаимное расположение, размер - пофигу. Базовые координаты + трансформация через матрицу.
Максим Тимофеев, после нахождения решения ;-) Как я говорил, оказалось проще перерисовать все полигоны этого типа с нуля. Это заняло гораздо меньше времени, чем поиски решения. Блин, знал бы что это будет такой гемор - не искал бы решение.