new Date(timestamp).toISOString()
вернет строку в едином международном формате ISO
такую строку можно будет вставить в любые поля MySQL, у которых тип данных - время
Другой вариант - воспользоваться функцией MySQL FROM_UNIXTIME. Помнить только, что в javascript в милисекундах, а функция принимает аргумент в секундах.