Изменение схемы в MySQL на лету - это своя особая песня.
MySQL 5.6+:
https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/innodb-onl...
Или делать что-то странное, как в старые тяжёлые времена. Людьми, связавшимися с mysql, были изобретены разные методы. От извращений с созданием новых таблиц и триггеров до statement-репликации и alter table на слейве, затем объявление этого слейва новым мастером.