Обычно сравнивают
md5-hash содержимого. Это гарантирует наиболее точную проверку. Проверка по размеру это ... неприемлимо, мягко говоря.
Считать содержимое файла через JS вам поможет
FileReader. Формируете хэш, спрашиваете у сервера, имеется ли такой.
Для тех браузеров, что не поддерживают эту технологию, придется загружать файл на сервер и уже там проводить проверки.