1. Убедитесь, что с дисками всё ОК. Может они всё IO съели просто (рейд развалился, например.)
2. Убедитесь, что у вас не возникла внезапная фрагментация БД.
3. Снимите нагрузку с мускула и убедись, что без неё он хоть как-то работает (напр. авторизуйтесь и запросите список процессов)
4. Убедитесь, что в show processlist адекватная картина.
Обычно этого достаточно.