Неизвестно как вы строите админку - с ООП или без ООП.
В вашем случае config представляет собой ассоциативный массив, значит нужны инструменты для этого.
Например:
Стандартная библиотека PHP (SPL).
На основе это нужно городить классы для проверки обновления и добавления записей в массив...
Как вы понимаете - это ваш велосипед, имитирующий работу с базой данных...
В любом случае - конфигурация предназначена для глобальных настроек модуля или чего-то...
Настройки отдельного пользователя лучше хранить в базе данных - для чего, собственно, это и придумано.