filesystem.squashfs - корневая файловая система в сжатом виде (squashfs).
initrd - загрузочная файловая система, в каком виде представлена, непонятно, нужно смотреть на логи загрузки.
vmlinuz- ядро линукса
Загрузка происходит следующим образом,
1) PXE загружает по сети
vmlinuz и
initrd и передает управление на
vmlinuz
2)
vmlinuz - разворачивает в памяти initrd и запускает процесс init
3) скрипты в
initrd загружают драйверы, подгружают по сети
filesystem.squashfs в рамдиск и перемонтируют на него root
Другими словами, вам нужно развернуть
filesystem.squashfs, добавить все что нужно, создать заново
filesystem.squashfs.
tldp.org/HOWTO/SquashFS-HOWTO/creatingandusing.html - вот примерно по такому сценарию.