Логи нужно прописывать в /etc/nginx/nginx.conf или в /etc/nginx/sites-available или и там, и там, тогда чем они отличаются? Как лучше, включать error_log и access_log или что-то одно и какой уровень логирования самый оптимальный?
sites-available логи для конкретного хоста.
На остальные вопросы нет ответа, так как вы сами определяете, что вам нужно.
Выключите все когда расстроитесь, что их нет, тогда сразу всё поймёте.
error.log точно выключать не надо, можно только добавить log_not_found off; чтобы не показывал там 404
access.log можно отключить например для статики, если она тебе не интересна. Совсем его отключать ИМХО не стоит, разве что специфичный случай типа embedded-устройства с 8мб мозгов