Ну самый примитивный вариант выглядит так:
Создаете у себя там класс в css:
.visible {
visibility: visible !important;
}
Потом дописываем убогий js, после вызова wow.init(), что-то типо того:
var scroll = window.pageYOffset, array = [];
wow.boxes.forEach(function (box) {
let pos = $(box).position(), height = $(box).height();
if (pos.top + height < scroll) {
$(box).addClass("visible");
} else {
array.push(box);
}
});
wow.boxes = array;
Смысл в том что мы при загрузке страницы смотрим где у нас тусит скролл, берем все элементы, которые подписаны на анимацию и проверяем их позицию, и если они уже были прокручены, то мы удаляем их из подписки и делаем их видимыми. Это кустарный вариант, но идея понятна, так что подкручивайте и вперед.