Потому что Magento очень гибкая CMS. Если у Вас мелкий проект, то возьмите что-нибудь попроще, например OpenCart.
Тормозит она скорее всего из-за сложности своей структуры.
А так, если вы хотите ее ускорить, то:
- Включите кеширование и компиляцию
- Сделайте сжатие js и css
- Настройте правильно сервер
Ну и вообще ее можно разогнать очень не плохо, но это немного затратно, но если в магазине 50к товаров, то почему бы и нет?