Ну на самом деле код неправильно закомментирован. Нужно либо переносить строки, чтобы комментировать только код, но не открывающий и закрывающий php-теги
либо использовать многострочный комментарий /* */ чтобы не зацепить закрывающий тег.
Что качается комментирования кусков кода и сокрытия того что выводится php кодом, то тут есть два пути:
1) замутить обработку выдаваемого html. Возможно используемый фреймворк/cms что-то такое умеет. Возможно придётся самому оборачивать всё в ob_start() а дальше регуляркой из конечного html вырезать комментарии.
2) просто не оставлять комментарии. Используйте CVS чтобы была возможность посмотреть на старый код.