А не закрывать их не вариант? У меня из постоянно используемых приложений на работе 4-6 экранов (на двух физических), дома два.
К слову у меня приложения открытые на весь экран, автоматически открываются на весь экран при перезапуске.
UPD. А вы открываете приложение на весь экран, как отдельной Space, или просто растягиваете на весь экран на рабочем столе?
Попробуйте ctrl+cmd+f