Самый лучший инструмент для прототипов — Excel. Или любая другая понравившаяся таблица, например, LibreCalc.
Для Android — Android Development Studio, понятное дело.
Настольную программу можно написать даже на JavaScript. Если же нужен EXE — что угодно, на чём умеешь программировать. Я бы взял визуальную систему наподобие Delphi, Qt или WinForms.