abberati: system.js это не эмуляция. это полноценный загрузчик модулей. И для production он подходит (с маленькой ремаркой - http2 only). Ну и опять же есть бандлер под system.js.
webpack - сам пока использую его и думаю новые проекты уже вести под system.js. webpack и его dev-server это прошлое. system.js и сборка на клиенте + http2 dev server решает почти полностью большую часть проблем инкрементной сборки из коробки.
Поскольку вы скорее всего остановитесь на gulp (он шустрее), обратите внимание, что у него есть плагин совместимости с grunt-тасками. То есть смысла в grunt после этого не много.
Альтернатив больше не знаю, но думаю их толком нет - тут уж слишком всё зависит от популярности - активности сообщества.