Если белому цвету присвоить атрибут Overprint - он исчезнет (так как в белом цвете отсутствует краска). Поэтому Discard white overprint in Output помогает избежать этих ошибок (можно случайно расклонировать объект с атрибутом оверпринт, сделать его белым и забыть отключить оверпринт).
Highlight substituted glyphs - Хз, но в теории эта функция подсветит тексты, в которых был автоматом заменен шрифт (из-за его отсутствия).