Их можно даже поперетаскивать друг на друга и они останутся прозрачными!
Это потому, что у слоёв с картинками стоит режим наложения "умножение". У логотипов есть фон, никакой прозрачности там нет.
Если хотите логотипы без фона, можете удалить его вручную, но проще, конечно, просто найти логотипы в том виде, в котором они вам нужны.