Что у Вас выдает функция
echo PHP_VERSION;
В принципе можете просто закомментировать или удалить строки проверки
if (version_compare(PHP_VERSION, '5.3.1', '<'))
{
die('Your host needs to use PHP 5.3.1 or higher to run this version of Joomla!');
}
они находятся в 3 файлах:
joomla3\index.php
joomla3\administrator\index.php
joomla3\installation\index.php