Работа каждой отдельной базы данных - определённый накладной расход, который сокращается при содержании всех баз в одном месте. Содержание на одном сервере 10 виртуалок с маленькими базами внутри - по ресурсам дороже, чем их содержание на одном сервере БД.
Выделение базы под каждый сайт позволит их изолировать друг от друга и избежать занятия ресурсов соседним сайтом. В остальном, преимуществ в производительности вы не почувствуете, если все изолированные базы будут находиться на одном сервере.
Если все базы находятся на независимом оборудовании, то конечно же разделение будет производительнее.