Ээээ, Вы хотите сертификаты "для себя" или же торговать ими хотите, для сторонних людей выпускать?
Если для себя - то man openssl, как советовали. Или читать доку по виндовому УЦ. Еще скриптов могу дать для управления УЦ на линухе.
Если на продажу - забудьте. Чтобы торговать сертификатами, нужно чтобы Ваш корневой сертификат был признан доверенным производителями оборудования и софта - Google, Apple, Microsoft, Mozilla и т.д. а также "коллегами" - Comodo, GoDaddy, Network Solutions :-)