/// <reference path="../typings/angular/angular.d.ts"/>
import { angular } from "angular";
var myapp=angular.module('myapp',[])
1) 'use strict' не нужен начиная с TS 1.8 (tsc сам добавляет теперь всегда);
2) вместо module начиная с TS 1.5 используют namespace, чтобы не конфликтовать в терминологии с модульными системами для JS;
3) вам тут модуль и не нужен, т.к. сам файл и так представляет собой модуль;
4) если имя не из стандартных библиотек TS, его нужно импортировать перед использованием. Точный путь зависит от того, куда у вас поставились d.ts-ки для Ангуляра и чем от того, чем вы вообще собираете проект.