Способов много, потому что проекты разные. Какие-то требуют контроля версий, какие-то нет. Какие-то разрабатываются командой, какие-то нет и т.д. Соответственно нет идеального метода для любого проекта.
Если сайт делает 1 человек и не планируется его развитие, то и деплой из ide через ftp - оправдан.
То что Ваш сайт расположен на VPS говорит о больших возможностях для деплоя, но ничего не говорит о самом проекте, его задачах и целях. А значит любой конкретный ответ - из пушки по воробьям.
