Используем сессии.
Запускаю первый скрипт из консоли, пишем в сессию, пока работает скрипт всё чинно и нормально.
При повторном запуске того же скрипта и обращение к той же сессии(session_name(бла бла) ) он не может их получить.
При этом создаёт новую сессию если судить по папке tmp для хранения сессий...
ведь мелочь какую-то упустил...
з.ы: время жизни сессии указал принудительно в шапке скрипта.
php5.3