Есть проблема. Если хранить без расширения и без MIME-типа, то могут быть проблемы при копировании файлов с windows на linux и обратно, т.к. некоторые файловые менеджеры могут воспринимать файлы по особому и менять некоторые байты для совместимости между win/lin. И это может выйти боком и файлы станут битыми, если не копировать их бинарным методом.
С этим сталкивались на практике. На linux-сервере было все нормально (php скрипт добавлял header'ы к файлам), скопировали filezill'ой на винду, на ней запустили тот же php скрипт, а файлы (исходные, обрезанные) отличаются в несколько байт (в зависимости от типа файла).