Забирать их на клиенте посредством jQuery Cookie например, и передавать в запросе по сокетам в виде json.
Как сказали уже выше, куки - это часть http протокола. В веб сокетах их просто нет.
EpicUsaMan: ну раз так, то вы как раз и написали готовое решение.. для node это request.cookies, для php - массив $_COOKIE.
В общем резюмируя:
1. На backend (php) проверяем значение массива $_COOKIE. Можно просто var_dump - ом
2. Если там что то есть, то ок, значит куки передаются в запросе. Если же нет, то используем вариант с передачей кукисов с фронта.
Петр Марочкин: websocket server же, это не отдельный файлик под каждую задачу. $_COOKIE[] глобальный массив и определится при запуске сервера единоразово.