Вы кажется не понимаете архитектуру node
В php автозагрузка модулей используется, что бы ускорить загрузку, так как процесс скрипта живет в течении запроса и умирает по его завершении
В node процесс живет вечно (не умирает между запросами) и обрабатывает множество запросов, при каждом запросе модули не подключаются снова, они уже подключены. Более того, при подключении модуль кэшируется в памяти, подключив его еще раз в другом месте, Вы не выполняете его снова, а используете уже выполненный модуль.
Так что что-то Вы делаете не так, если у Вас возникает такой вопрос