У меня было похожее с "mysql". Тут есть пять решений:
1. Использовать официальный контейнер, может там это проблема уже решена и через линкование соединить его с тем где вам нужен postgres
2. У вас уже есть готовый конфиг и вы его закидываете во время создания контейнера через "COPY" или "ADD"
3. Сделать скрипт (Поместить в ENTRYPOINT) который будет проверять определённую папку. Если папка есть и она пустая, то копируте туда конфиг и стартует postgres с него, если папки нету, то стартует с оригинального конфига. Получиться, что при сборке он будте использовать оригинальный конфиг, а при старте надо будет смонтировать папку (которая будет проверяться в скрипте). Скрипт скинет туда конфиг и будет его использовать для следующих стартов. Посмотрите вот
этот проект (run.sh), но там ад. Там ещё куча других вещей для mysql и icinga.
4. Использовать "sed" и поменять/добавить нужные настройки в /etc/postgresql/9.5/main/postgresql.conf
5. Если у вас нету каких-то особых настроек, то нафига его тогда трогать