При малейшем скролле функция animate срабатывает несколько раз, а нужно, чтобы только один раз при одном скролле, то есть нужно уменьшить чувствительность скролла что ли.
$(window).scroll(function() {
if($(this).scrollTop() > 0){
$('.pages').animate({"margin-left":"-=600px"},300);
}
});