Вопрос как сопоставить это с логами от первой части системы, например если было передано 10 тыс. задач а выполнено 9,9 тыс.
А при чем тут первая система? Вторая система файлы приняла и вторая же система их обработала. Это все внутренняя логика второй системы.
В общем виде, указанные вами сверки производятся по логам только в крайних случаях - если нормальная логика работы системы была нарушена. А все данные о том, что, куда и как отправилось и в каких статусах лежит, хранятся в первую очередь в БД.
В приведенном вами примере у второй системы должна быть приблизительно следующая логика:
1. Получили данные, записали в лог.
2. Закинули данные в БД, записали в лог.
3. Отправили первой системе квиток о принятии данных. Записали в лог.
4. Начали обработку единицы данных. Поменяли ей статус в БД на "Обрабатывается". Записали в лог.
5. Обработали данные. Поменяли статус в БД на "Успешно" или "Провалено". Записали в лог.
...