Стоит делать не только при начальной установке сервера, но и время от времени (не реже раза в месяц).
Кроме того, разумные RAID-контроллеры имеют настройку а-ля Patrol Read, которая помогает заранее обнаруживать сбои дисков (т.е. обнаруживать нечитаемость какого-то блока до того, как данные в этом секторе кому-то понадобятся), что повышает сохранность :)
Прервать можно смело и без последствий, хотя при новом запуске проверка начнётся сначала. Это проверка, она (если всё хорошо) ничего не пишет на диски. Если в процессе проверки обнаружатся проблемы, вероятно, контроллер заменит диск на spare и начнёт ребилд, который хотя и можно прервать, но этого делать настоятельно не рекомендуется.
А что за RAID у вас? Как оно само себя называет? Это fake, или чип встроен в плату, или же карточка отдельная стоит? Какого объёма диски?
Средний
