<div ng-show="showMe">Покажи это сообщение</div>
showMe = true;
setTimout(function(){
showMe = false
}, 0)
$scope.$apply()
.$timeout
(ссылка на доку), вместо стандартного window.setTimeout
. showMe = true;
setTimout(function(){
showMe = false
$scope.$apply();
}, 0)