Коротко по вопросу: Github это удаленный сервер(origin), их может быть много. Оттуда команда выкачивает проекты(git pull), но в самом начале работы надо склонировать(git clone) и локально работает, после того как что то изменили, изменения добавляются в индекс(git add), фиксируются(коммитятся)(git commit) и отправляются на сервер(git push)
Если консоль сложна, то SmartGit идеальное решение.