Вспомните, не устанавливали ли вы скайп, к примеру, на мобильный телефон. Ну, или может входили на в свой аккаунт через бабушкин комп. И, как финальный вариант, проверьте через таск-менеджер (если речь идёт об win), не запускается-ли у вас два скайпа параллельно.
Ну, и не мешает восползоваться советом
DimaZZ и обратиться в поддержку в скайп. Даже если это паранойя, они вас там поддержат. ;)