Идем в папку
wp-contents/plugins, создаем там вложенную папку
disable-bootstrap. Копируем в нее любой скелет плагина, хотя бы
этот.
В файле wordpress-plugin-boilerplate.php определеяем еще один произвольный метод, пускай это будет
public function disable_css(), в теле которого используем функцию
wp_dequeue_style. В качестве параметра нужно передать id того link-тега, которая Вам все ломает. Затем, в конструкторе делайте еще один вызов функции
add_action, например, вот
add_action('add_action', [$this, 'disable_css'])
Профит!
Замечание: мой способ срабоет только, если изначально Вы подключали скрипт через функцию
wp_enqueue_style. Если Вы или до Вас там кто-то написал просто link-тег в .php-файл, то Вам поможет только полнотекстовой поиск по всем файлами WP'шки
