Оптимизируй запросы к БД.
У самого была такая же проблема(правда на mysql, но суть думаю та же). Проблема была в том, что я делал много запросов на 1 таблицу(select и update) с 1,5М записей=>запросы выполнялись по 1+ секунде=>собирались в очередь=>нагружали процессор. Решил проблему убрав запросы на чтения из этой таблицы, сделав отдельную таблицу, где уже были посчитанные значения.
Upd. С mongodb не знаком, но нагуглил аналог SHOW PROCESS LIST для mongodb:
https://docs.mongodb.org/manual/reference/method/d...