Одна таблица с сообщениями, в которой следующий минимум:
id, user_from, user_to, is_new, message, hide_on_user_from,hide_on_user_to,created_at
В гугле есть примеры запросов к такой таблице чтобы вытащить сами диалоги пользователя, ну а непосредственно сам диалог реализовать будет не так сложно