когда бандл большой но не на столько чтоб делать 2 бандла
Читаем symfony best practice - у вас должен быть всегда только один бандл. AppBundle. Все остальные варианты бандлов - только для самодостаточных вещей, которые вы хотите реюзать между проектами. Причем как правило "в бандл" заранее не стоит это заварачивать а уже когда будет видно что получилось что-то реюзабельное.
Далее, разделение по функциональности - дело хорошее. Вот только не стоит забывать, что контроллеры к приложению имеют весьма посредственное отношение, это просто UI. Имеет смысл разделять по слоям/зонам ответственности + по функционалу. так у нас может быть такая структура:
Controller
User
UserController
Entity
- User
- UserProfile
- UserCredentials
- User
- UserRepository (только интерфейс)
- Downloads
- какие-то сущности
Словом, делайте так, как вам удобно. Но лучше пусть в одной директории будет 10 файлов, чем если бы у нас было 5 директорий и по 1-2 файла в каждом.