IvanRobot: в коде ничего править не требуется, как правило. Переключаешь шаблоны и все.
Если требуется вызвать код из другого хедера, не переключая шаблоны, то лучше вынести его в отдельный файл в дефолтный шаблон и просто подинклудить.
Если нужно в одном каком-то месте подключать какой-то другой шаблон, то надо в настройках сайта указать, что для этого места надо подключать другой шаблон. Например, для пути или определенной константы, whatever.
/www/bitrix/templates/header.php — это вообще, кстати, не шаблон. Эта строчка, в числе прочего, подключит header.php из текущего шаблона для этого места, который лежит, например в /local/templates/myawesometemplate/header.php