Зависит от рук разработчика, если писать не думая, забивая на всё, то тормозить оно будет одинаково, что FLASH, что Canvas. FLASH также уже почти не поддерживается или по умолчанию отключен во многих браузерах. На сегодняшний момент, я даже не знаю, где незаменим еще FLASH.
Если вы надумали выбрать направление, то берите смело Canvas.