Любой код, который попадает на компьютер опытного и хитрого программиста - будет взломан, вопрос времени.
Единственное решение - не давать этот код, как верно заметил
Mikhail Osher - SaaS-решение.
P.S. Лет 5 назад в одном крупном интернет-магазине юзали CMS Битрикс для корпоративного портала. Пользовалось около 2000 человек. Использовали ломанную версию.