Перед тем, как создавать загрузочную флешку с линуксом (неважно каким), с использованием популярных программ вроде
unetbootin или
LiLi, вы форматируете ее в fat32 - и она потом вполне себе хорошо работатет при подключении к компьютеру с виндой - только часть ее занята файлами от линукса.
Если вы не хотите при ее использовании видеть файлы относящиеся к линуксу - можно на ней создать два раздела, отформатировать их, и, соответственно, первый выделить под линукс - а второй под ваши файлы. Но практика показывает, что при таком подходе могут возникать неочевидные проблемы (флешка не распознается как загрузочная, хотя с ней все в порядке).
Простой
